La Maestría en Ciencias de la Computación se desarrolla en dos Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento (LGAC), las cuales se generaron tomando como base, las necesidades del entorno regional y la experiencia en los campos disciplinarios de cada uno de los integrantes del Núcleo Académico Básico que soporta el programa:

LGAC de Ingeniería de Software. Proveer y desarrollar conocimientos, capacidades y tecnologias para la construcción de sistemas complejos, que involucren interacciones amplias y constantes entre actores heterogeneos, como personas, máquinas y dispositivos, aprovechando los nuevos avances tecnológicos. En este sentido, se observan de relevancia temas como la ingeniería de requisitos, el diseño centrado en el usuario, la arquitectura de software, pruebas del software, así como el desarrollo y aprovechamiento de aplicaciones para dispositivos móviles, el cómputo en la nube, la realidad aumentada, y las interacciones hombre-maquina.

LGAC de Sistemas Inteligentes. Entre los principales propósitos de esta LGAC está el proveer soluciones avanzadas para atención de problemas que aquejan a grupos vulnerables, mediante el aprovechamiento de la inteligencia artificial. En este sentido, el uso de las diversas áreas de la inteligencia artificial como los sistemas basados en conocimiento, las redes neuronales, el aprendizaje de máquina, el procesamiento del lenguaje natural, entre otros temas se vuelven relevantes para proveer soluciones que también aprovechen avances tecnológicos como los dispositivos móviles y los sistemas embebidos, así como la aplicaciones del aprendizaje máquina, por ejemplo en la analítica de grandes volúmnes de datos.